Google Transit
Google tiene un servicio, llamado Google Transit, que no es muy conocido y que todavía no incluye ninguna ciudad española, que permite planificar un viaje utilizando trasnporte público. El servicio, Google Transit, permite con ayuda de Google Maps que el usuario vea cuál es la mejor manera mediante trasnporte público de desplazarse entre dos puntos. Solo hay varias ciudades de Estados Unidos y Europa, y curiosamente algún país como Suiza. En España lo único que conozco, seguramente habrá más webs, es el servicio bus.es del Ministerio de Fometo que hace lo mismo pero con autobuses. No he podido probar Google Transit al no dar servicio a Nueva York o a Madrid, las dos ciudades donde paso más tiempo, pero la complejidad de los datos con los que trabaja, no se si le permitirán ofrecer unos datos de calidad.
Para la área metropolitana de Barcelona te recomiendo el servicio web que ofrece TMB (Transportes Metropolitanos de Barcelona).
Entre dos puntos te da las mejores combinaciones en transporte público (metro, bus, tranvía, renfe, ferrocarriles de la Generalitat).
En Madrid hace muchos años que funciona la página web del Consorcio de Transportes http://www.ctm-madrid.es/.
Incluso te muestra las líneas interurbanas.
Muchas graicas Marcg y Beltanne. No conocía ninguna de las dos, las echaré un vistazo.